Vaasan Nuorkauppakamarin hallitus edustaa yhdistystä ja hoitaa sen asioita. Hallitus kehittää yhdistyksen toimintaa sekä päättää yhdistyksen toimintalinjoista. Vaasan nuorkauppakamarin vuoden 2023 hallituksessa on 8 jäsentä, kullakin oma vastuualueensa tai lohkonsa. Hallitus kokoontuu kuukausittain, ja ohjaa toimintaa Suomen nuorkauppakamareiden suuntaviivojen mukaisesti. Hallitus valitaan vuosittain lokakuussa pidettävässä vaalikokouksessa.